La biodiversité
Une étude d'impact environnementale a été réalisée pour les besoins de l'enquête publique (Doc3. Etude d'impact enquête publique), intégrant une étude d'incidence du projet sur les zones Natura 2000 (Dossier 1.Dossier d'incidence Natura 2000). Elle fut critiquée par les associations qui s'appuyaient notamment sur un avis publié par le Ministère du développement durable en 2006 (Doc4) qui soulignait que "« la caractérisation de l'état initial et de l'évaluation de l'impact du projet restent insuffisantes pour ce qui concerne les espèces protégées »
".
En mars 2008, le Conseil National de Protection de la Nature a jugé insuffisantes les mesures de compensation de ces destructions proposées par le concessionnaire, notamment en ce qui concerne le vison d'Europe. Celles-ci ont été amendées, ouvrant la voie à la publication de l'arrêté inter-préfectoral d'autorisation de destruction des espèces et milieux naturels. (Doc5 et Doc6)
La mise en place de mesures compensatoires a donné lieu à la création d'un avenant au contrat de concession, allongeant de 5 ans la durée de concession et prévoyant une "indemnisation pécuniaire du concessionnaire" par l'État de 45 millions d'euros. Ces mesures sont notamment réalisées dans le cadre d'un partenariat avec la CDC Biodiversité.
Les enjeux de biodiversité dans les grands projets d'infrastructure :
