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La dernière crise se situe au passage Crétacé/Tertiaire, vers 65 millions d'années, et correspond comme chacun sait, à la disparition des dinosaures. Des controverses persistent sur le caractère brutal ou graduel de cette crise mais ce qui la rend complexe concerne le caractère sélectif des extinctions. En domaine marin, certains groupes du plancton sont très affectés, d'autres pas du tout ; pour les organismes qui vivent dans la colonne d'eau, le pelagos, certains groupes disparaissent comme les Ammonites et les Belemnites, tandis que d'autres tels que les poissons osseux et cartilagineux subissent 40 à 50 % de pertes, les espèce d'eaux profondes n'étant quasiment pas affectées. En milieu continental on observe également des groupes qui sont nullement perturbés par la crise, comme la flore, les insectes ou les poissons d'eau douce tandis que les reptiles subissent de nombreuses pertes. Certains groupes passent la limite comme les crocodiles, les tortues, les lézards alors que les dinosaures et ptérosaures disparaissent. Là encore la polémique s’installe ; certains disent que les dinosaures ont passé la limite puisque les oiseaux sont leurs descendants, tandis que les Ptérosaures étaient peu diversifiés à la fin du Crétacé, annonçant leur chute. Tout est dans la manière de raconter cette histoire biologique, pour la rendre plus ou moins cataclysmique. Comme pour les crises précédentes, plusieurs causes sont proposées parmi lesquels la plus médiatique : une météorite de grande taille dont le cratère a été retrouvé sur la Presqu'île du Yucatan au Mexique, et dont les poussières caractéristiques (Iridium) se retrouvent dans de nombreuses coupes autour du globe. Cette crise coïncide également avec des épanchements volcaniques abondants en Inde, mais aussi une importante baisse du niveau marin, un refroidissement climatique ou encore une fréquence élevée des inversions du champ magnétique terrestre.